Si tienes un montón de carpetas vacías que quieres borrar, en lugar de hacerlo una por una, puedes utilizar la terminal y esta sencilla instrucción:
find ./ -type d -empty -exec rmdir {};
Lo que hace esta instrucción es encontrar (find) en el directorio actual (./) las carpetas (-type d) vacías (-empty), y sobre ellas ejecutar (-exec) el comando para borrarlas (rmdir {}).
Sencillo y eficaz.